A Fecomerciários foi fundada em 1939, fruto do movimento iniciado dois anos antes por entidades sindicais comerciárias que atuavam nas cidades de São Paulo e Santos. Mas, somente em 1940 adquiriu caráter institucional que permanece até hoje, a partir da fusão com a Federação dos Trabalhadores no Comércio do Estado de São Paulo – criada anteriormente para representar parte da categoria.
O ato de fundação contou com a presença de representantes dos Sindicatos de Catanduva, Garça, Marília, Ribeirão Preto, Santos, São Paulo e Campinas. A primeira diretoria foi integrada por Alberto Dias Rebouças, Joaquim Lopes de Mattos, Gastão Massari, Hugo Ramazzini e Alberto Fernandes (Comissão Executiva). Ary Mattos, Mariano de Laert Gomes e Waldemar A. Menezes compunham o Conselho Fiscal. O mandato era de três anos.
A Federação teve seu reconhecimento pelo então Ministério do Trabalho, Indústria e Comércio em 1942. A Carta Sindical datada de 7 de novembro daquele ano acrescentou à lista de fundadores os Sindicatos de Marília, São José dos Campos e o Sindicato dos Empregados Vendedores e Viajantes do Comércio no Estado de São Paulo.
Em 1948, a Federação passou a integrar as Juntas de Recursos da Previdência Social, os Conselhos do Sesc e Senac, as Juntas de Conciliação e Julgamento da Capital, além de indicar juízes classistas para o Tribunal Regional do Trabalho (TRT).
Em meados da década de 1950, o nome de origem – Federação dos Sindicatos de Commerciários do Estado de São Paulo – foi alterado para Federação dos Empregados no Comércio do Estado de São Paulo, amplamente difundido pela sigla Fecesp.
Com uma alteração estatutária ocorrida em 1986, a diretoria passou a ter onze membros. Outra resolução adotada pelo Conselho de Representantes, em 1992, promoveu a redistribuição de bases sindicais dos filiados. Como resultado, 41 entidades filiadas à época, tiveram suas bases redistribuídas – o que possibilitou a criação de 24 novos Sindicatos de Comerciários.
O Conselho de Representantes aprovou mais uma alteração no estatuto da entidade, em 1998, que permitiu novo aumento do número de diretores.
A Diretoria da Federação é formada atualmente por 16 membros. A entidade tem 71 sindicatos filiados. Desde 2008, é conhecida como Fecomerciários. Em 2015, passou a ser denominada Federação dos Comerciários do Estado de São Paulo, mantendo o logo Fecomerciários.
Ao longo das décadas, a Fecomerciários cumpriu com eficiência seu papel de coordenadora dos interesses dos sindicatos filiados e da categoria como um todo. A entidade também teve atuação decisiva na estruturação do movimento sindical comerciário no Estado, estimulando a criação de sindicatos e garantindo suporte material às entidades como maquinário, móveis e utensílios, gabinetes odontológicos, além de aumentar o patrimônio das suas entidades com reformas de sedes, subsedes e construção de novas, mais modernas e com toda a infraestrutura necessária para atender os comerciários com conforto. Seu quadro de funcionários é altamente qualificado.
Além disso, a Federação também propicia assistência jurídica e sindical aos comerciários, mantendo sempre viva a luta pelos direitos da categoria e levantando bem alto as bandeiras históricas dos trabalhadores no comércio do Estado de São Paulo.
A Fecomerciários é filiada à Confederação Nacional dos Trabalhadores do Comércio (CNTC) e à União Geral dos Trabalhadores (UGT).